科技处是学校主管科技工作的业务管理部门，下设综合科、自然科学项目管理科、成果与知识产权管理科、科研平台管理科、学报编辑部。校学术委员会和校科学技术协会秘书处设在科技处。主要工作职责如下：

一、负责全校科研工作发展规划和年度计划拟定与组织实施。

二、负责科研管理有关规章制度制定、组织实施与修订。

三、负责科研信息收集整理、报道与咨询等工作。

四、负责全校纵向科研项目计划组织申报、中期检查、验收结题、经费管理。

五、负责各类科研成果和科技奖励的组织申报和管理。

六、负责科研平台和科研基地的组织申报和管理。

七、负责安徽农业大学自然科学版学报学报的编辑出版工作。

八、负责校学术委员会的日常事务。

九、负责校科学技术协会的日常管理工作。

十、负责科技统计工作，协同做好校科技奖励与科研考核、科技宣传、科研档案、国际科技合作和学术交流等工作。

十一、完成学校和上级组织交办的其他工作。